La contaminación puede ser debida a diferentes factores:

a) Actividad humana:

• como la construcción de fosas sépticas

• la agricultura:componentes orgánicos, uso de pesticidas

• Industriales: pinturas, gasolina.

b) Factores naturales:

• por las capas freáticas demasiados ricas en sales disueltas o por la erosión natural de cientos de rocas.

El agua subterránea tiende a ser dulce y potable, debido a que la circulación subterránea tiende a depurar el agua de partículas y microorganismos contaminantes, obteniendo un agua de excelente calidad, siendo así un mecanismo natural de filtración y depuración.

La contaminación de estas aguas puede permanecer por largos períodos, debido a la baja renovación y el tiempo de residencia, ya que no se pueden aplicar procesos artificiales de depuración por su difícil acceso.

Esa calidad del agua y la posibilidad de captación en los propios locales donde ocurren las demandas, hacen que el aprovechamiento de las aguas del Acuífero Guaraní asuman características económicas, sociales y políticas destacadas para el abastecimiento de la población.