Parece ser que el origen del Sudoku se remonta al siglo XVIII cuando el matemático suizo Leonhard Euler creó un sistema para el cálculo de probabilidades basado en una distribución numérica en un cuadrado latino.
No fue hasta la década de los 70 que estos estudios matemáticos se aplicaran para la creación de un pasatiempo que en un principio se llamó "Number Place" (El lugar de los números) que se empezó a publicar en la revista neoyorquina "Math Puzzles and Logic Problems" (Rompecabezas matemáticos y Problemas lógicos).
El nombre con el que conocemos actualmente a este pasatiempo se lo debemos a que en la década de los 80 la editorial Nipona Nikoli empezó a difundirlo más ampliamente con el nombre "Suji wa dokushin ni kagiru" (Los número deben estar solos).
Posteriormente se abrevió su tan largo nombre quedando como "Sudoku" ("Su" número, "Doku" solo).